Исследователи разработали подход для выявления генов и путей, которые предсказывают, ответят ли больные раком на иммунотерапию. Исследование, опубликованное в журнале Nature Communications, иллюстрирует, как использование секвенирования всего экзома может лучше предсказать ответ на лечение, чем существующие лабораторные тесты.

Иммунотерапия, в отличие от химиотерапии, которая убивает раковые клетки, помогает иммунной системе организма самостоятельно находить и уничтожать раковые клетки.

Исследователи объединили данные шести предыдущих исследований иммунотерапии. Но даже после этого количество пациентов – всего 319 человек – все равно было относительно небольшим.

Чтобы обойти эту проблему, исследователи обратились к модели под названием fishHook. Она корректирует ряд факторов, которые влияют на частоту фоновых мутаций – например, корректирует размер гена, поскольку в больших генах вероятность мутаций выше.

Используя эту модель, исследователи применили двухэтапный подход: сначала они изучили результаты секвенирования всех пациентов, чтобы найти гены с более высоким мутационным бременем, чем ожидалось, с поправкой на геномные факторы. В результате было выявлено шесть генов с подозрительно высоким мутационным бременем.

Затем исследователи определили, были ли какие-либо из этих шести генов повышены у людей, которые отвечали или не отвечали на иммунотерапию. Используя тот же двухэтапный подход к набору генов, называемых путями, исследователи определили, что определенные пути также предсказывают ответ на ингибиторы иммунных контрольных точек.

Затем они объединили четыре гена и три пути с другими прогностическими переменными, такими как возраст, тип опухоли и мутационное бремя опухоли, чтобы создать инструмент, который они назвали CIRCLE. По итогу он смог лучше предсказать ответ на иммунотерапию примерно на 11%, чем позволяли прошлые методы. CIRCLE также смог точно предсказать выживаемость рака после иммунотерапии.

Источник: Ferra